De Vlaamse Regering kan de besluiten van een kerkraad of van een centraal bestuur bij een gemotiveerd besluit vernietigen als het gemeentelijk belang en in het bijzonder de financiële belangen geschaad worden [zie Decreet, art. 58, § 1], de wet wordt geschonden of het algemeen belang wordt geschaad [zie Decreet, art. 58, § 2].

Het vernietigingsbesluit moet aan het bestuur van de eredienst en aan het centraal bestuur worden verstuurd binnen dertig dagen nadat de notulen bij de provinciegouverneur zijn ingekomen of, in voorkomend geval, binnen dertig dagen nadat het handhavingsbesluit bij de Vlaamse Regering is ingekomen. De termijn van 30 dagen begint te lopen vanaf de dag na de dag van ontvangst van het schorsingsbesluit door de provinciegouverneur of vanaf de dag na de dag van ontvangst van het gemotiveerd handhavingsbesluit genomen door de kerkraad.

De Vlaamse Regering stelt de provinciegouverneur, de gemeenteoverheid en het erkend representatief orgaan van zijn vernietigingsbesluit in kennis. Het vernietigingsbesluit wordt ook in de rand van de ontvangen notulen van de kerkraad genoteerd.

Zoals dat het geval is bij de schorsingprocedure, kan de termijn worden gestuit door de verzending van een aangetekende brief waarin de Vlaamse Regering het dossier betreffende het besluit bij het bestuur van de eredienst of het centraal bestuur opvraagt, of er aanvullende inlichtingen over inwint [zie Decreet, art. 60].

Ook de aangetekende verzending van de klacht aan een toezichthoudende overheid stuit de termijn [zie Omzendbrief BA 2005/01 dd 25.02.2005, Littera I, pt. 1.3].

Indien de Vlaamse Regering de termijn van 30 dagen (met zijn eventuele verlengingen na stuiting) laat verstrijken, zonder dat een vernietigingsbesluit wordt genomen en meegedeeld, dan wordt de schorsing (opgelegd door de gemeenteoverheid of de provinciegouverneur) als onbestaande beschouwd. De schorsing is ambtshalve opgeheven.